Modernisierung und Industrialisierung
Die Modernisierung der staatlichen Verwaltung lief parallel mit der beginnenden Industrialisierung im Gebiet an Donau, Ilm und Paar. Ein Meilenstein in der Entwicklung war der Bau der Bahnlinie von München nach Ingolstadt in den Jahren 1864 bis 1867.
Die Donaulinie Ingolstadt - Regensburg über Vohburg und Münchsmünster folgte 1873/74, der Bau der Hallertauer Lokalbahn Rohrbach - Wolnzach - Mainburg in den Jahren 1893 - 95. Kurz vor der Jahrhundertwende begann auch der Ausbau der Stromversorgung im Gebiet des heutigen Landkreises. Die Grundlagen für den wirtschaftlichen Aufschwung des vorher rein landwirtschaftlichen Landstrichs waren damit geschaffen.
Auch die beiden Weltkriege, die im Landkreis nur relativ geringe materielle Schäden anrichteten, aber großes menschliches Leid in den Familien Tausender von Gefallenen und Vermissten hinterließen, konnten die Aufwärtsentwicklung des Landkreises nicht zum Stillstand bringen.
Mit der neuen Landkreisordnung vom 18. Februar 1946 wurden Verwaltung und politische Vertretung der bayerischen Kommunen neu geregelt. Seit 1952 wird der Landrat direkt von den Bürgern gewählt.
Einen entscheidenden Einschnitt in der Geschichte der bayerischen Landkreise bedeutete die 1972 abgeschlossene Gebietsreform. Von den ehemals 143 bayerischen Landkreisen und 48 kreisfreien Städten blieben nach der Reform des damaligen Innenministers Bruno Merk noch 71 Landkreise und 25 kreisfreie Städte übrig.
Der Landkreis Pfaffenhofen an der Ilm ging nach den Auseinandersetzungen gestärkt aus der Reform hervor. Aus dem aufgelösten Landkreis Ingolstadt kamen rund 16.000 Einwohner (in erster Linie aus Reichertshofen, Baar-Ebenhausen und Manching) zu Pfaffenhofen, aus dem Landkreis Schrobenhausen die Gemeinden Gerolsbach und Hohenwart mit rund 5.600 Bürgern, aus dem Landkreis Mainburg 380 Bürger. Die Einwohnerzahl des Landkreises erhöhte sich durch die Gebietsreform von 58.000 auf rund 81.000. Parallel mit der Landkreisreform lief seit dem Jahre 1970 die Gebietsreform, in deren Verlauf sich die Zahl der Gemeinden im Landkreis Pfaffenhofen von ursprünglich 78 (Stand 1964 im Altlandkreis) auf jetzt 19 reduzierte.