Scheyern - Stammsitz des Hauses Wittelsbach

Durch die Klostergründungen gewann auch der Süden des Landkreises kulturell und politisch an Bedeutung und Einfluss. Eine herausragende Stellung hatte dabei Scheyern, eine der historisch bedeutsamsten Stätten Altbayerns. Hier stand die Wiege des Fürstenhauses der Wittelsbacher, das über sieben Jahrhunderte (von 1180 bis 1918) Bayern beherrschte.

Erster urkundlich gesicherter Ahnherr des Wittelsbacher Fürstengeschlechtes ist ein Graf Otto von Scheyern (1045 - 1078), der aus dem Geschlecht der Skiren stammte. Er war verheiratet mit Gräfin Haziga, die durch großzügige Schenkungen bereits um das Jahr 1070 den Aufbau benediktinischer Niederlassungen bei Bayerischzell bzw Fischbachau unterstützt hatte.

Nachdem Hazigas Enkelsohn, der Scheyerer Graf Otto V. (als Otto I. Herzog von Bayern), mit seiner Familie den einstigen Stammsitz Scheyern verlassen hatte (um 1116 nennt er sich erstmals "von Wittelsbach") schenkte er im Jahre 1119 den Mönchen die Burg.

Mit dem Aufstieg der Wittelsbacher auf den bayerischen Herrscherthron, den sie über 700 Jahre besetzten, begann auch die Blütezeit der Städte und Märkte. Wolnzach erhielt angeblich schon um 1150 als erster Ort im Gebiet des heutigen Landkreises Pfaffenhofen das Marktrecht verliehen.

Gut 40 Jahre später unter Herzog Ludwig dem Kelheimer ist Pfaffenhofen erstmals als Markt genannt (1197). Es entwickelte sich schnell zu einem lokalen Herrschaftszentrum und Landgerichtssitz der Wittelsbacher in der Region an der Ilm. In den neuen Märkten, zu denen auch Vohburg, Reichertshofen und Hohenwart gehörten, blühten Handel und Gewerbe auf , ringsum breiteten sich Ackerbau und Viehzucht aus. In einigen Gegenden - alte Flurnamen deuten noch darauf hin - versuchte man sich auch im Weinanbau. Vor allem in den Klöstern regte sich vielfältiges kulturelles Leben.

Die bayerischen Erbfolgekriege im 15. Jahrhundert, der 30jährige Krieg (von 1618 bis 1648), die großen Pestepidemien im 17. Jahrhundert und die Auswirkungen der französischen Revolution (1789) brachten in den folgenden Jahrhunderten viel Leid, Not und Elend über die Menschen im heutigen Landkreisgebiet.

Der allmählich in Gang gekommene Demokratisierungsprozess führte unter König Ludwig I. und Graf Montgelas zu einer Neuorganisation der staatlichen Verwaltung. Die Bildung der Distriktsgemeinden als kommunale Gebietskörperschaften mit überörtlichen Aufgaben (z. B. Straßenbau und Feuerlöschwesen) im Jahre 1852 kann als Geburtsstunde der heutigen Landkreise angesehen werden. 1862 übernahmen die neugeschaffenen königlichen Bezirksämter (heute vergleichbar mit den Landratsämtern) die reinen Verwaltungsaufgaben, während die Landgerichte nur noch für die Rechtspflege zuständig waren.